Pour justifier de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour déterminer leur CIR, il est conseillé aux entreprises de constituer un dossier justificatif. Un modèle de dossier est mis à leur disposition en ligne par l’administration.
L’administration fiscale peut demander aux entreprises tous renseignements relatifs à la réalité de l’affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination du CIR (CGI art. 244 quater B). Pour un CIR calculé au titre d'une année N, la déclaration n° 2069-A-SD doit être déposée en année N+1. L'administration fiscale peut vérifier la déclaration dans un délai allant jusqu'au 31 décembre de l'année N+4.
Ce contrôle s’étend également aux documents déposés en vue d’obtenir des remboursements. Lors du traitement d’une demande de remboursement, l’administration peut solliciter l’entreprise afin qu’elle fournisse les pièces justificatives de sa demande. Il s’agit d’une vérification et non d’un contrôle fiscal en tant que tel. Il est rappelé que le remboursement ne vaut pas validation du CIR.
Il existe deux situations distinctes et possibles selon que les travaux réalisés relèvent de la R&D ou de l’innovation.
Concernant les travaux de R&D. L’administration fiscale demande, par courrier, à l’entreprise contrôlée de présenter un dossier accompagné des pièces justificatives .Elle procède, dans un premier temps, à la vérification de l’assiette du CIR, c'est-à-dire les éléments déclarés et leur comptabilisation.
Dans un second temps, elle procède au contrôle du caractère scientifique des projets, en confrontant les éléments communiqués par l’entreprise.
L’administration fiscale peut également saisir le ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation pour mandater un expert scientifique du domaine d’activité de l’entreprise. Ce dernier va procéder à l’expertise des projets de R&D présentés par l’entreprise.
Le dossier doit comporter une description scientifique et technique établie par le chef de projet ayant mené les travaux de R&D au sein de l’entreprise. Il doit être constitué au fur et à mesure de l’exécution des opérations R&D par les porteurs de travaux R&D au sein de l’entreprise.
L’administration fiscale met à disposition des entreprises une notice pour les aider à la constitution du dossier justificatif et un tableau Excel pour saisir les éléments financiers sur http://m.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid79474/cir-constituer-son-dossier-justificatif.html
Concernant les travaux d’innovation. L’administration fiscale demande également, par courrier, à l’entreprise contrôlée de présenter un dossier accompagné des pièces justificatives. Dans un premier temps, elle vérifie l’assiette du crédit d’impôt innovation (CII), à savoir les éléments déclarés et leur comptabilisation. Ensuite, elle procède au contrôle du caractère innovant des projets, en confrontant les éléments fournis par l’entreprise et ceux définis dans la doctrine fiscale (BOFiP).
Pour vérifier l’éligibilité des travaux déclarés, l’administration fiscale peut saisir le ministère chargé de l'industrie ou la Direccte territorialement compétente.
Modèle de dossier à remplir par l'entreprise pour justifier sa déclaration annuelle de CII en cas de contrôle fiscal sur https://www.entreprises.gouv.fr/politique-et-enjeux/credit-impot-innovation
Sources : Ministère de l’Enseignement supérieur, de la Recherche et de l’Innovation, actualité du 24 octobre 2018 sur http://m.enseignementsup-recherche.gouv.fr/cid79474/cir-constituer-son-dossier-justificatif.html
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